Paciente de dieciseis años que presenta talla baja asimétrica sindrómica, trastorno del metabolismo de los hidratos de carbono de probable origen central, déficit de vitamina D resuelto y escoliosis. No presenta antecedentes familiares de interés. Exponer el abordaje de este caso será el objetivo del presente estudio.

Se solicita exoma clínico que incluye cribado de variantes en número de copias (CNVs). El algoritmo diagnóstico utilizado consistió: análisis de variantes descritas como patogénicas o probablemente patogénicas y de significado clínico incierto presentes en genes relacionados con los términos HPO: Pierre-Robin sequence (HP:0000201), Failure to thrive (HP:0001508), Dysphagia (HP:0002015), Gastroesophageal reflux (HP:0002020), Low levels of vitamin D (HP:0100512), Scoliosis (HP:0002650), Short stature (HP:0004322), Abnormal blood glucose concentration (HP:0011015) y Neurodevelopmental delay (HP:0012758). Bases de datos usadas: dbSNP, 1000 Genomes, EXAC y gnomAD, Human Gene Mutation Database (HGMD), ClinVar. Las variantes nombradas según la Human Genome Variation Society (HGVS).

Se identifica una deleción, en heterocigosis, seq[GRCh38]del(13)(q13,3q13,3) chr13:g.(35118166_35142405), que incluye, a priori, secuencia intragénica del gen NBEA (exones 15 a 18), en transcrito de referencia NM_015678.5, asociado a Trastorno del neurodesarrollo con o sin epilepsia generalizada de inicio temprano, con un patrón de herencia autosómica dominante. Dicho hallazgo se confirmó mediante otra metodología (microarray CytoScan HD). Tras el estudio de cosegregación en los progenitores se determina que dicha variante es “de novo”.

La deleción detectada en el presente estudio, a priori, no alteraría la pauta de lectura, se desconoce si ésta provocar la pérdida de función y por tanto, en el fenotipo asociado a la haploinsuficiencia del gen. Por ello, la deleción presenta un significado clínico de carácter incierto en base a la evidencia actual y no es posible establecer una clara relación entre la presencia de esta CNV y el cuadro clínico descrito en el paciente.