El cálculo del riesgo poligénico (PRS) estima la predisposición a desarrollar enfermedades a partir de variantes genéticas comunes (SNPs) y su correlación con el fenotipo de interés. Se ha identificado un PRS de 313 SNPs asociados al riesgo de desarrollar cáncer de mama y se ha integrado en el modelo BOADICEA. Las variantes y su correlación con el cáncer de mama se determinaron a partir de GWAS en los que las variantes fueron genotipadas con microarrays de alta densidad e imputadas con paneles de referencia. El objetivo del estudio es optimizar una metodología estandarizada para la implementación del PRS de cáncer de mama en la rutina clínica.

Afiliaciones:

Se obtuvieron muestras de DNA de 664 mujeres sanas con historia familiar de cáncer de mama. El genotipado se realizó usando OpenArray Taqman y el sistema de RT-PCR Quant Studio 12K Flex. Se descartaron: 1) SNPs que carecían de sonda comercial/customizada o eran indels, y no podían sustituirse por SNPs alternativos en alto desequilibrio de ligamiento y 2) SNPs de resultado indeterminado o sin amplificación.

Se calculó la proporción del componente poligénico BOADICEA (α) y la media de esta versión del PRS para validar su aplicabilidad modelo de cálculo de riesgo.

PRISMA₂₆₈ contiene 268 SNPs basados en los 313 de BCAC. De los 268, 231 son originales y 37 están en alto desequilibro de ligamiento (r²>0.9). Un total de 45 SNPs fueron excluidos por carecer de ensayo de genotipado y variantes alternativas viables o por fallos en la amplificación. El valor de α fue 0.396 (versus 0.441 de PRS₃₁₃) y media de 0.322 (versus

-0.424 de PRS₃₁₃).

Las variantes tipo indel como marcadores en PRS presentan dificultades de genotipado. El PRS PRISMA₂₆₈ ha sido adaptado para su uso en el modelo BOADICEA a través de la herramienta CanRisk disponible para rutina.