El cfDNA liberado a la sangre es considerado un biomarcador no invasivo de elevado potencial y, en la actualidad, es utilizado en el diagnóstico prenatal y el seguimiento de pacientes oncológicos y trasplantados. La tecnología basada en el estudio del cfDNA requiere de grandes volúmenes de plasma y métodos de extracción de alta recuperación utilizando protocolos laboriosos de procesamiento manual. Es por ello necesario identificar un protocolo de extracción de cfDNA automático con el que obtener rendimientos aptos para las aplicaciones moleculares de nueva generación.

Se evaluó la extracción de cfDNA de plasma en pacientes con trasplante alogénico (n=59), utilizando 4 soluciones comerciales: un método manual mediante columnas de sílice (M) y tres métodos automáticos basados en bolas magnéticas (A1, A2, y A3). Se evaluó a concentración por fluorometría y la fragmentación del cfDNA por electroforesis microfluídica. 

Los métodos A2 y A3 fueron más rápidos con un tiempo de ejecución/run de 1 ± 0.5 h frente a las > 3 h de los métodos M y A1. La recuperación de cfDNA (ng/ml plasma) fue significativamente superior con A2 (33 ± 2,5 vs 15,5 ± 3,5 (M1), p< 0.05). No se observaron diferencias en el tamaño de los fragmentos de cfDNA obtenido entre los métodos M y A2.

La extracción de cfDNA automática A2 reúne las características necesarias para su implementación en el laboratorio de rutina de biología molecular: eficiencia, recuperación y disminución de error manual.