La disrupción del splicing del pre-ARNm es un mecanismo deletéreo frecuente en el cáncer hereditario. Nuestro objetivo en este estudio fue analizar funcionalmente mediante minigenes híbridos las variantes potencialmente espliceogénicas reportadas en el proyecto europeo BRIDGES (https://cordis.europa.eu/project/id/634935) en el gen de susceptibilidad al cáncer de mama CHEK2.

Se identificaron un total de 128 variantes BRIDGES en las fronteras exón/intrón del gen CHEK2, de las cuales nos quedamos 52 tras el filtrado bioinformático con la herramienta MaxEntScan. Para el testado funcional de dichas variantes candidatas se construyeron 3 minigenes (mgChk2_ex1-7, mgChk2_ex6-10 y mgChk2_ex11-15), los cuales abarcaban los 15 exones de CHEK2. Finalmente, las 52 variantes seleccionadas se incorporaron en el minigén correspondiente mediante mutagénesis dirigida y se ensayaron funcionalmente en células MCF-7.

Cuarenta y seis variantes (88,5%) alteraban el splicing, 34 de las cuales indujeron graves anomalías de splicing sin dejar rastro o cantidades insignificantes del transcrito full-length del minigén. Un total de 89 transcritos diferentes fueron identificados, 82 de los cuales pudieron caracterizarse (59 PTC, 7 in-frame, 5 eliminaban el codón de inicio, 6 afectaban a la 5'UTR, 2 missense y 3 full-length). Curiosamente, el análisis de la variante c.684-2A>G reveló el uso de un sitio aceptor TG creado de novo 1 nucleótido upstream del canónico, cuyo reconocimiento depende de una serie de secuencias críticas ubicadas en el exón 6.

La incorporación de las lecturas generadas por los minigenes a un esquema de clasificación basado en las directrices ACMG/AMP (American College of Medical Genetics and Genomics/Association for Molecular Pathology) nos permitió clasificar 27 variantes de CHEK2 como patogénicas/probablemente patogénicas y 5 como probablemente benignas. Sin embargo, 20 variantes (38%) seguían siendo de significado clínico incierto, lo que refleja en parte los complejos patrones de splicing de este gen.