Las causas genéticas de las epilepsias son altamente heterogéneas, y aunque tanto en la bibliografía como en las bases de datos, están descritas mayoritariamente mutaciones puntuales (SNV), no es inusual identificar variantes de número de copia (CNV). A partir de dos casos procedentes de los servicios de neurología y neuropediatría, valoramos si nuestro estudio de secuenciación masiva (NGS) de exoma es un método suficientemente sensible para detectar/descartar variantes de número de copia.

Presentamos el estudio mediante NGS exoma completo con análisis dirigido por paneles virtuales y comprobación de los resultados obtenidos por array-CGH de dos pacientes con epilepsia.

Paciente 1: El análisis de los datos de secuenciación de exoma (ExomeDepth (v1.1.15)) detecta una posible deleción en heterocigosis de todo el gen CHD2, con una cobertura >20x del 100%. Los resultados del array-CGH (60K custom) confirman la deleción detectada en el gen CHD2, a la vez que permite ver la amplitud de la deleción (2.15 Mb). Mediante array se observan otros genes adyacentes a CDH2 también delecionados: SLCO3A1, ST8SIA2 y RGMA.

Paciente 2: El análisis de los datos de secuenciación de exoma (ExomeDepth (v1.1.15)) detecta una posible deleción intragénica en heterocigosis en el gen KCNQ2, con una cobertura >20x del 99.3%. Los resultados del array-CGH de alta resolución (1M) confirman la deleción detectada en el gen KCNQ2, así como la amplitud de la deleción (38.96 kb) e identifica los exones delecionados (exones 13 al 17).

De los resultados de ambos casos, podemos aceptar en nuestra rutina de trabajo que la secuenciación masiva del exoma es un método robusto que permite detectar/descartar CNVs. Es necesario el uso paralelo de ambos métodos (NGS exoma y Array/MLPA) en cohortes seleccionadas de pacientes para concluir que puede prescindirse de métodos adicionales a la secuenciación masiva del exoma para la caracterización de CNVs.