Variantes bialélicas en el gen ATAD3A se han relacionado con una entidad que cursa con hipoplasia pontocerebelosa asociada a hipotonía e insuficiencia respiratoria neonatal letal (MIM 618810). La confirmación molecular de los trastornos relacionados con ATAD3A suponen un reto diagnóstico debido a la existencia de tres genes parálogos en el locus ATAD3 (ATAD3A, ATAD3B y ATAD3C), lo que lo convierte en un objetivo difícil tanto para la secuenciación como para los análisis de CNVs.

Presentamos el caso de una recién nacida fallecida en las primeras horas de vida a consecuencia de malformaciones severas del sistema nervioso central (hipoplasia severa del tronco cerebral y del cerebelo), asociando miocardiopatía hipertrófica, hiperlactacidemia y distrés respiratorio con necesidad de ventilación mecánica invasiva y soporte inotrópico. Cariotipo y array-CGH 60K prenatales sin alteraciones. Biopsia muscular, estudio de mtDNA y secuenciación del exoma completo en trío con resultados no concluyentes.

La ampliación del estudio genético mediante secuenciación del genoma identificó en la paciente dos variantes en heterocigosis compuesta en el gen ATAD3A (NM_001170535.3): c.181G>A; p.Ala61Thr, de herencia materna, y una deleción de aproximadamente 68 Kb en la región 1p36.33, incluyendo a este mismo gen, de herencia paterna.

En este caso el algoritmo bioinformático del alineamiento hizo que la variante de secuencia c.181G>A tuviera baja calidad de mapeo debido probablemente a la alta homología de secuencia en esta región, siendo descartada del análisis del exoma inicial. Destacamos la importancia de conocer las manifestaciones clínicas asociadas a esta enfermedad así como las dificultades técnicas que pueden surgir en el estudio del gen responsable.