Varón de 8 años natural de Rumanía por retraso psicomotor (ausencia de lenguaje), rasgos dismórficos, talla baja (-2.5 DE) y antecedentes de crisis febriles. En la exploración física destaca: microcefalia, hiperterolismo, micrognatia, estrabismo, cejas poco pobladas, raíz nasal deprimida, punta nasal fina, narinas pequeñas, boca grande, dientes pequeños, mamilas separadas e hiperlaxitud articular. La exploración cardiológica y la RMN cerebral fueron normales. La madre presenta discapacidad intelectual, fenotipo peculiar y trastornos de conducta.

Se solicitaron estudios de cariotipo, Array-CGH, exoma completo (panel virtual discapacidad intelectual) y posterior reanálisis del exoma previo. Posteriormente un estudio de cDNA en cultivo de linfocitos del paciente.

Los estudios genéticos en 2021 no fueron concluyentes. En 2023 contactaron desde sindromología por sospecha de Síndrome de Coffin-Lowry utilizando la herramienta Face2Gene, atendiendo a los rasgos faciales. El reanálisis identificó la variante intrónica c.632-7T>C en el gen RPS6KA3 (NM_004586.2) en hemicigosis. Esta variante no presenta frecuencias poblacionales ni se encuentra descrita en la bibliografía consultada. Los predictores de splicing in silico fueron negativos. La madre es portadora heterocigota para la variante. El estudio funcional mostró un salto (skipping) del exón 9 en el ARNm que genera el desplazamiento del marco de lectura y el truncamiento de la proteína: r.632_774del; p.(Asp211Valfs*2). Basándonos en esta información la variante fue reclasificada a probablemente patogénica.

El paciente presenta la variante probablemente patogénica c.632-7T>C en el gen RPS6KA3 en hemicigosis, que es compatible con Síndrome de Coffin-Lowry con un patrón de herencia ligado al X dominante (MIM#303600). El fenotipo también es compatible con el de su madre. Nuestros resultados destacan la importancia de la reevaluación de los resultados de NGS en el contexto de un equipo multidisciplinar integrado.