Las variantes genómicas que alteran el proceso de splicing del mRNA representan una causa todavía infravalorada de enfermedades genéticas humanas. Su asociación con rasgos de enfermedad debe ser confirmada mediante ensayos funcionales en líneas celulares de pacientes o modelos alternativos para detectar mRNA aberrantes. La secuenciación de lectura largas, o de tercera generación, es una técnica adecuada para identificar y cuantificar isoformas de mRNA. Las herramientas bioinformáticas disponibles para la detección y/o cuantificación de isoformas generalmente están diseñadas para el análisis de todo el transcriptoma. Sin embargo, los experimentos centrados en genes de interés requieren datos más precisos y herramientas de refinamiento y visualización.

Aquí describimos VIsoQLR, una herramienta interactiva implementada en R shiny que integra el análisis y funciones de visualizador y editor de secuencias para la identificación y cuantificación semiautomatizada de isoformas conocidas y nuevas, utilizando datos de secuenciación de lectura larga. VIsoQLR está diseñado para analizar exhaustivamente la expresión de mRNA en ensayos de splicing de genes seleccionados.

Nuestra herramienta toma secuencias alineadas, o alinea contra una referencia y, para cada gen, define los sitios de splicing consenso y cuantifica las isoformas. VIsoQLR tiene capacidad para editar los sitios de splicing a través de gráficos y tablas dinámicos e interactivos, lo que permite una curación manual precisa. Las isoformas conocidas detectadas por otros métodos también se pueden importar como referencias para su comparación. Una comparación con otras dos herramientas populares orientadas al análisis del transcriptoma muestra un rendimiento preciso de VIsoQLR en la detección y cuantificación de isoformas.

Presentamos los principios y características de VIsoQLR y su aplicación en un ejemplo de estudio de caso utilizando secuenciación de lecturas largas usando tecnología Nanopore. VIsoQLR está disponible en https://github.com/TBLabFJD/VIsoQLR.