Actualmente la secuenciación del genoma completo (WGS) es el enfoque más completo, que permite detectar SNV, indels, CNV y otras variantes estructurales, en exoma y regiones no codificante, con una cobertura más uniforme, incluso para regiones ricas en GC, sin necesidad de diseñar sondas específicas en función de la secuencia exónica.

Se conocen más de 30 repeticiones cortas en tándem (STR) asociadas a diferentes enfermedades humanas. Sin embargo, la mayoría de las expansiones de STRs no se detectan de forma automática con las pipelines comúnmente utilizadas en el análisis de datos de WGS, aunque se están desarrollando distintos softwares que permiten su detección a partir de datos de lecturas cortas de WGS.

La implementación de estas herramientas en el análisis de datos de WGS podría mejorar el rendimiento diagnóstico en el estudio de las enfermedades genéticas, aunque la mayoría de los laboratorios no disponen de apoyo bioinformático que permita realizar estas mejoras en sus análisis.

Se ha realizado mediante PCR-free WGS (NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit y secuenciación PE150 de illumina) la secuenciación de ADN de un paciente con sospecha de distrofia miotónica. El análisis bioinformático se ha realizado utilizando una herramienta comercial de Ilumina (Emedgene) que incluye la detección de STRs. 

Se ha detectado una expansión de 75 repeticiones del triplete CTG en el gen DMPK (NM_004409.5:c.*224_*226 CTG [75]) confirmada por la técnica gold standard, permitiendo diagnosticar al paciente genéticamente de distrofia miotónica de Steinert.

Aunque son necesarios más estudios, se ha podido demostrar que, con las herramientas bioinformaticas adecuadas es posible detectar STRs patogénicas sin un análisis dirigido utilizando un software comercial. De esta forma se confirma que la WGS es una técnica valida no solo para la detección de SNV, indels y CNV sino también de expansiones patogénicas.