Las tecnologías emergentes de secuenciación de lecturas largas (LRS, long-read sequencing) presentan un gran potencial para mejorar la detección de variantes estructurales (SVs) en enfermedades raras. Este trabajo muestra nuestra experiencia con la secuenciación basada en nanoporos, estudiando SVs en una cohorte de pacientes con enfermedades oftalmogenéticas, principalmente distrofias hereditarias de retina (DHR).

Se realizó secuenciación de genoma de lecturas largas en 35 pacientes con enfermedades genéticas oculares que tenían una secuenciación de lecturas cortas previa no concluyente. Las librerías se prepararon usando ADN de alto peso molecular siguiendo los protocolos de Oxford Nanopore Technologies y secuenciando a 30x en la plataforma PromethION. Se validaron las SVs usando análisis de secuenciación Sanger, CGH, MLPA y/o FISH.

Hasta el momento actual, el análisis mediante LRS de estos genomas nos ha permitido identificar SVs causales en 6 pacientes: 3 variantes de número de copia (CNVs) en 3 pacientes con DHR y 3 reordenamientos cromosómicos equilibrados, 2 inversiones y una translocación, en 3 pacientes con enfermedades del desarrollo ocular. La LRS permitió la detección y refinamiento de los puntos de corte de microdeleciones afectando uno o múltiples exones en 3 genes asociados con DHR (EYS, KCNV2 y MYO7A). En el último paciente, la LRS también detectó una variante patogénica de un solo nucleótido (SNV) que previamente no detectada anteriormente, completándose así su caracterización molecular. Además, se identificaron otras variantes de significado incierto, como una duplicación con reordenamiento en el cromosoma X y una inserción de un retrotransposón en el cromosoma 1.

Nuestro estudio muestra las ventajas de esta tecnología para la detección y caracterización de SVs complejas en regiones repetitivas y otras variantes en regiones no codificantes y por tanto, pone de manifiesto la utilidad para descifrar y caracterizar SVs involucradas en patologías oftalmogenéticas.