La secuenciación de ADN/ARN de células individuales alcanza una resolución superior a la secuenciación tradicional, idónea para discernir la heterogeneidad intra-tumoral. Aunque estas técnicas utilizan principalmente tejidos frescos, la mayoría de los tejidos tumorales disponibles están fijados y embebidos en parafina. Ocasionalmente, pueden congelarse en criopreservantes como Tissue-Tek® O.C.T. que, aunque no mantienen la integridad total de las células, sí mantienen la de sus núcleos. 10XGenomics comercializa Multiome para la secuenciación single-nuclei simultánea de ARN/ATAC, pero no ofrece ninguna solución comercial para procesar estos tejidos. Nuestro objetivo es optimizar un protocolo de aislamiento de núcleos de carcinomas tiroideos humanos crioconservados en O.C.T. para secuenciación single-nuclei Multiome.

Partimos de cuatro secciones de 100 µm de tejido tiroideo humano congelado en O.C.T. Siguiendo indicaciones de 10XGenomics y otras casas comerciales, hemos logrado optimizar un nuevo protocolo ad-hoc. La idoneidad del protocolo ha sido confirmada mediante el estudio por microscopía de la integridad de la membrana de los núcleos aislados.

Obtuvimos >10.000 núcleos (≈5.000 núcleos/µL) y secuenciamos exitosamente el transcriptoma de 9.152 núcleos con un total de 80 millones de lecturas (8.706 lecturas/núcleo) y 29.100 genes detectados (1.274 genes/núcleo).

El protocolo optimizado consiguió el aislamiento de un número suficiente de núcleos íntegros para realizar Multiome a partir de tejidos tiroideos humanos preservados en O.C.T. El desarrollo de este protocolo contribuye a ampliar la batería de tejidos de archivo en los que poder aplicar estas novedosas técnicas de secuenciación para el estudio en mayor profundidad del carcinoma de tiroides humano u otros tejidos congelados en O.C.T.