La secuenciación de paneles de genes y exomas se han convertido en pruebas de rutina en los laboratorios de diagnóstico genético. Los procesos de preparación de las muestras son largos y susceptibles de que se produzcan errores que conlleven el intercambio de muestras. Para garantizar la trazabilidad de las muestras durante todo el proceso de secuenciación nos planteamos los siguientes objetivos: 1) selección de un panel de SNPs para analizar en exomas y paneles de genes, 2) diseño de un ensayo de genotipado para analizar los marcadores seleccionados en una alícuota independiente, 3) desarrollo de un script para el análisis y comparación de los resultados de secuenciación y genotipado.

Se seleccionó un set de 24 SNPs en regiones codificantes con buena cobertura en los paneles comerciales de exoma, con MAF de 0.4-0.5, distribuidos a lo largo de los 22 cromosomas autosómicos y 5 marcadores de sexo en los cromosomas X e Y. Se diseñó un ensayo de genotipado con la plataforma de Agena Bioscience. En el caso de los paneles de genes, los 24 SNPs y los 5 marcadores de sexo se incluyeron en los diseños o se incorporaron como spike-in en la hibridación. Las muestras secuenciadas fueron analizadas de forma independiente con el ensayo de genotipado de Agena Bioscience, y los genotipos resultantes fueron comparados con los resultados obtenidos en la secuenciación.

Se han analizado más de 35.000 muestras de paneles y exomas en los que se ha realizado este control de trazabilidad, permitiendo detectar posibles cruces de muestras o contaminaciones que han sido investigados adecuadamente para su resolución antes de la emisión del informe diagnóstico.

Se ha desarrollado un panel de SNPs autosómicos y marcadores de sexo que permite controlar la trazabilidad a lo largo del proceso de secuenciación, siguiendo las recomendaciones del ACMG y la ESHG.