La presencia de variantes en PAK3 se asocia a la discapacidad intelectual tipo 30 (OMIM#300558), con patrón de herencia recesiva ligada al cromosoma X. Esta patología se caracteriza por presentar, como sucesos más frecuentes, discapacidad intelectual, conducta agresiva y autoagresiones, retraso global del desarrollo, retraso en el lenguaje, hipotonía truncal y de extremidades, hipotonía facial, microcefalia, cara alargada, atrofia cerebral e hipoplasia del cuerpo calloso. Este trabajo presenta el hallazgo de una nueva variante en PAK3 no descrita en la literatura.

Paciente de 11 años derivado a consulta de Genética Clínica por presentar retraso global del desarrollo. Sin antecedentes neurológicos de interés en familiares de primer grado. Gestación, parto y reconocimiento neonatal de curso normal. Con dificultades en la psicomotricidad gruesa y fina, trastorno en el área del lenguaje, conductas impulsivas de descarga y dificultades en la relación con sus iguales. Destaca en la exploración física, entre otros, hábito longilíneo, pectum excavatum, escápulas ligeramente aladas, cara alargada con orejas grandes y despegadas, ligera retrognatia y clinodactilia bilateral 5º dedo. aCGH y estudio molecular de síndrome X-frágil sin hallazgos significativos. Se recomienda realización de exoma clínico mediante NGS para poder determinar la causa del cuadro clínico y ofrecer un adecuado asesoramiento genético.

Se identifica la variante c.442_445delCATG; p.(His148Aspfs*3) en hemocigosis en el gen PAK3. Se trata de una variante de pérdida de función que genera un codón de parada prematuro. No ha sido previamente descrita en la literatura ni en las bases de datos consultadas y se categoriza como variante probablemente patogénica. 

Sus características apoyan una probable asociación con el fenotipo del paciente en base al conocimiento actual. La madre biológica no es portadora de la variante, compatible con que se trate de una variante de novo. Este resultado apoya la causalidad de la variante en el fenotipo del paciente.